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2018-597 - Apprentissage en génomique et protéomique de Vibrio sp. H/F

Postée le 13-03-2018 par Institut Pasteur

Date de début de la mission
01/04/2018
Durée de la mission
5 - 6 mois
Ville:
Paris

Missions



Métier : Bio info / biostat/Ingénieur de recherche (Bio info / biostat)

Type de contrat : Contrat d'apprentissage

Description du poste :

Le diagnostic des différents pathogènes étudiés dans l'Unité est basé classiquement sur des analyses de bactériologie classique et des étapes de biologie moléculaire. L'identification du pathogène est généralement suivie d'une caractérisation plus poussée des souches, permettant le sous-typage, de confirmer leur pouvoir pathogène ou déterminer leur profil de résistance aux antibiotiques. Cette caractérisation est souvent effectuée par l'amplification par PCR et le séquençage de gènes d'intérêt, qui nécessite une multiplicité d'étapes et peut être longue à mettre en œuvre. Avec la révolution liée aux méthodes protéomique (spectrométrie de masse) et génomique (séquençage haut-débit) en microbiologie, il est maintenant possible d'augmenter à la fois la rapidité du rendu des résultats, le débit des analyses et la discrimination du typage/sous-typage bactérien. Pour cela il est primordial de développer une base de données génomiques et protéomiques des différents pathogènes étudiés dans l'unité. Pour constituer cette base de données, il faut pouvoir analyser par une double approche protéomique et génomique un ensemble de souches représentatives de la diversité du groupe bactérien : souches de référence et souches clinique, vétérinaires ou environnementales préalablement caractérisées par les moyens classiques. Vous participerez: - A la sélection des espèces de Vibrio, à la préparation des échantillons bactériens pour analyse MALDI-TOF, à la préparation des ADN (voire des banques) pour le séquençage haut-débit (technique Illumina) en lien avec PIBNet (extraction ADN, préparation des banques, initiation au nettoyage/filtre des séquences). - A l'analyse des spectres de Maldi Tof et l'analyse des séquences génomiques (nettoyage/filtre des séquences, analyse phylogénétique, recherche de gènes de virulence ou de résistance aux antibiotiques, travail dans une base BIGSdb ou autre, écriture de scripts simples) - A l'écriture des modes opératoires de ces nouvelles méthodes dans le cadre de l'assurance qualité - Aux réunions de laboratoires afin de présenter l'avancement des projets



Votre profil : - Bac + 5 - Expérience en bactériologie dans un laboratoire - Connaissance en génomique bactérienne ou en protéomique (MALDI TOF)

Lieu : 75015

Niveau d'étude souhaité : Bac + 5

Langue / Niveau :

Anglais : B2 - Opérationnel

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